长春亚泰足球俱乐部成立于1996年，是中国吉林省长春市的足球俱乐部，目前参与的足球联赛是中国足球超级联赛。
1996年4月，长春亚泰在付出每名球员两万人民币的培养费后从沈阳绿茵足校引进了一批1981年至1982年出生包括杜震宇、王栋、张笑非、姜鹏翔、高健、曹添堡、张宝峰在内的球员。
1996年6月6日，长春亚泰足球俱乐部正式成立。
1997年长春亚泰首次参加乙级联赛。
1999年末，长春亚泰和新升入甲B联赛中的八一超能合作，获得翌年的甲B联赛资格。
2000年球队在殷铁生的率领下在甲B联赛中获得第五名。同年底长春亚泰与八一超能合作破裂了，长春亚泰决定花1500万元买断八一超能。
2001年，长春亚泰获得甲B联赛亚军，但是因为涉嫌参与打假球成为“甲B五鼠”之一，而被中国足协取消升级资格且被重罚。
2003年长春亚泰获得甲B联赛冠军，但当年联赛并无升降级。
2004年中国足球甲级联赛始创球队之一。
2005年在中国足球甲级联赛夺得亚军并升级到中国足球超级联赛。
2006年在俱乐部首个中超赛季便取得殿军的佳绩。
2007年在高洪波的执教下获得了中国足球超级联赛冠军，也是队史上首夺顶级联赛冠军，成为继大连实德、上海申花、山东鲁能及深圳健力宝后，历来第五支夺得中国顶级职业联赛冠军的球队。
2008年球队首次出战亚洲最高荣誉的亚足联冠军联赛，于小组赛仅以2分落后予澳大利亚的阿德莱德联排行第2，未能出线淘汰赛阶段，成绩已属不俗。
2009年在中超历史上最为局面最为混乱的一年里，长春亚泰和其他球队一样有过大起大落，不过凭借后半程较为稳定的发挥最终赢得了联赛亚军的骄人成绩。
2010年3月，长春亚泰在亚洲冠军联赛F组的一场小组赛中，借助主场零下15度的严寒，以9：0的比分狂胜印尼冠军佩西普拉，创造了中国球队在亚冠赛场上的最大比分纪录。
2018赛季中，长春亚泰以8胜8平14负的成绩，在与重庆斯威、天津泰达同积32分条件下，因相互战绩差而遭降级。长春亚泰成为继中超元年的深圳健力宝之后，第二支降级的中超冠军球队。
2019年7月20日，原长春亚泰俱乐部董事长刘玉明因胃癌医治无效，于凌晨1时在医院去世，享年64岁。刘玉明为长春市足球、吉林省足球和中国足球的发展做出了巨大的贡献。
2020赛季，在特殊赛制下，长春亚泰第一阶段以6胜3平1负的成绩获得常州赛区头名，进入争冠组。2020年11月8日，在中甲争冠组最后一轮比赛中，长春亚泰3-0击败成都兴城人居，以4胜1平、一球未失的不败战绩结束第二阶段赛事，在夺得2020赛季中甲冠军的同时，时隔两年重返中超。
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